Windows上の話ね。 Macはさておき。
Firefoxが3.5になってから、places.sqliteの仕様というか内容が変わったらしく、アドオン「SQLite Manager」が使えなくなってしまったんですよね。 どうやってバキュームしてリインデックスするのよ、って話です。
私は普通に本家SQLiteを使ってます。 ダウンロードページに
Precompiled Binaries For Windows
って部分があって、sqlite-3_*_**.zipってリンクあるので（現在はsqlite-3_6_16.zip）ダウンロード。 ダウンロードしたら展開。 sqlite3.exeというexeファイルが１つだけ出ます。
places.sqliteは
C:\Documents and Settings\(username)\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\********.default
にあるので、ここにsqlite3.exeを置いちゃいます。 あ、そうそう、Firefoxは終了していなくてはなりません。
んでDOS窓を開き、「cd」とタイプして空白を一つ打ち、********.default（フォルダそのもの）をドロップして改行。 そして
sqlite3.exe places.sqlite vacuum
sqlite3.exe places.sqlite reindex
としちゃう。 このままコピペでも大丈夫。
と、そんなこんななんですけれども、よく、places.sqliteが小さくなんないー！とか、10%しか小さくなんないー！とか聞きますけど、そんなもんでしょう。 vacuumしてreindexして最適化し、起動を早くするのが目的なんですから。
追記：「表示したページとダウンロードの履歴」をクリアすると極端に小さくなりますね。