これが2つあるので混乱しました。 ユーザーレベルとシステムレベルである、というか、レベル別内容別で分散しているっぽいんですよね。
C:\Users\(username)\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
こっちがユーザーレベル。 どうもこのRoamingっていうフォルダーがWindows7ではキモっぽいんですよね。
んでシステムレベルだと
C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
こっちもチェックする必要があります。 インストーラー経由でここに入ることがあります。