結論から言うと、そういう症状が起きるパソコンにインストールされている Chrome の、
設定 > Google の設定 > 同期と Google サービス > 同期する内容の管理
で、「すべてを同期する」から「同期をカスタマイズする」を選択したうえで「履歴」スイッチをオフにする。
Google Chrome については先日も「訪問済みリンクに切り替わらない！」っていう投稿をしました。 それはそれで解決したんですが、同時に今回のような不具合も発生していました。 大量のリンクを一気にタブ出しする。 それで訪問済みリンクになる（リンクカラーが変わる）んですけど、ウインドウを閉じるとリセットされてしまう、という不具合です。 そしてこれは特定のパソコンにのみ起きるもので、同じプロファイル（というか Google アカウント）を使っている別のパソコンだとこういうことは起きないんです。
取り急ぎの仕事が続いていて腰を落ち着ける時間がなかったので、その場しのぎの対応に終始し、結局解決しませんでした。 ウインドウを閉じなければいいんだったら機能拡張である Don't Close window With Last Tab を使えばいいやって導入するも、ウインドウは閉じないでいても一定期間が経過するとリセットされてしまいました。 そういう、訪問済みリンクのなにかに係る設定があるのかなーっていうんであちこち調べて設定するも解決せず、最終的には設定のリセットや、完全アンインストールなんかもしてみても、それでも解決しなかったんです。
そしたら履歴を同期しないようにすればいいだなんて、よくよく考えてみればそのとおりな話なんですけど、なかなか気づかなかったなぁ。